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#!/usr/bin/env python3
# -*- coding: utf-8 -*-
"""
Created on Thu Jul  2 16:30:09 2020

@author: oem
"""


import os
import numpy as np
import time
import matplotlib.pyplot as plt
from scipy.signal import argrelextrema
from threeLevel_2repumps_linealpol_python_scripts import CPTspectrum8levels, CPTspectrum8levels_fixedRabi
import random
from scipy.signal import savgol_filter as sf


def CalculoTeoricoDarkResonances_8levels(u, titadoppler, detuningdoppler, detuningrepump):
    
    if titadoppler==0:
        NegativeDR = [(-7/5)*u, (-3/5)*u, (-1/5)*u, (1/5)*u, (3/5)*u, (7/5)*u]
    elif titadoppler==90:
        NegativeDR = [(-11/5)*u, (-7/5)*u, (-3/5)*u, (3/5)*u, (7/5)*u, (11/5)*u]
    else:
        NegativeDR = [(-11/5)*u, (-7/5)*u, (-3/5)*u, (-1/5)*u, (1/5)*u, (3/5)*u, (7/5)*u, (11/5)*u]
    
    PositiveDR = [(-8/5)*u, (-4/5)*u, 0, (4/5)*u, (8/5)*u]
    
    return [detuningdoppler + dr for dr in NegativeDR], [detuningrepump + dr for dr in PositiveDR]


def GetClosestIndex(Vector, value, tolerance=1e-3):

    i = 0
    while i<len(Vector):
        if abs(Vector[i] - value) < tolerance:
            return i
        else:
            i = i + 1
    return GetClosestIndex(Vector, value, tolerance=2*tolerance)
    

def FindDRFrequencies(Freq, Fluo, TeoDR, entorno=3):
    """
    Busca los indices y la frecuencia de los minimos en un entorno cercano al de la DR.
    Si no encuentra, devuelve el valor teórico.
    """
    
    IndiceDRteo1, IndiceEntornoinicialDRteo1, IndiceEntornofinalDRteo1 = GetClosestIndex(Freq, TeoDR[0]), GetClosestIndex(Freq, TeoDR[0]-entorno), GetClosestIndex(Freq, TeoDR[0]+entorno)
    IndiceDRteo2, IndiceEntornoinicialDRteo2, IndiceEntornofinalDRteo2 = GetClosestIndex(Freq, TeoDR[1]), GetClosestIndex(Freq, TeoDR[1]-entorno), GetClosestIndex(Freq, TeoDR[1]+entorno)
    IndiceDRteo3, IndiceEntornoinicialDRteo3, IndiceEntornofinalDRteo3 = GetClosestIndex(Freq, TeoDR[2]), GetClosestIndex(Freq, TeoDR[2]-entorno), GetClosestIndex(Freq, TeoDR[2]+entorno)
    IndiceDRteo4, IndiceEntornoinicialDRteo4, IndiceEntornofinalDRteo4 = GetClosestIndex(Freq, TeoDR[3]), GetClosestIndex(Freq, TeoDR[3]-entorno), GetClosestIndex(Freq, TeoDR[3]+entorno)
    IndiceDRteo5, IndiceEntornoinicialDRteo5, IndiceEntornofinalDRteo5 = GetClosestIndex(Freq, TeoDR[4]), GetClosestIndex(Freq, TeoDR[4]-entorno), GetClosestIndex(Freq, TeoDR[4]+entorno)
    IndiceDRteo6, IndiceEntornoinicialDRteo6, IndiceEntornofinalDRteo6 = GetClosestIndex(Freq, TeoDR[5]), GetClosestIndex(Freq, TeoDR[5]-entorno), GetClosestIndex(Freq, TeoDR[5]+entorno)

    EntornoFreqDR1, EntornoFreqDR2 = Freq[IndiceEntornoinicialDRteo1:IndiceEntornofinalDRteo1], Freq[IndiceEntornoinicialDRteo2:IndiceEntornofinalDRteo2]
    EntornoFreqDR3, EntornoFreqDR4 = Freq[IndiceEntornoinicialDRteo3:IndiceEntornofinalDRteo3], Freq[IndiceEntornoinicialDRteo4:IndiceEntornofinalDRteo4]
    EntornoFreqDR5, EntornoFreqDR6 = Freq[IndiceEntornoinicialDRteo5:IndiceEntornofinalDRteo5], Freq[IndiceEntornoinicialDRteo6:IndiceEntornofinalDRteo6]

    EntornoFluoDR1, EntornoFluoDR2 = Fluo[IndiceEntornoinicialDRteo1:IndiceEntornofinalDRteo1], Fluo[IndiceEntornoinicialDRteo2:IndiceEntornofinalDRteo2]
    EntornoFluoDR3, EntornoFluoDR4 = Fluo[IndiceEntornoinicialDRteo3:IndiceEntornofinalDRteo3], Fluo[IndiceEntornoinicialDRteo4:IndiceEntornofinalDRteo4]
    EntornoFluoDR5, EntornoFluoDR6 = Fluo[IndiceEntornoinicialDRteo5:IndiceEntornofinalDRteo5], Fluo[IndiceEntornoinicialDRteo6:IndiceEntornofinalDRteo6]
    
    IndiceFluoMinimaEntorno1, IndiceFluoMinimaEntorno2 = argrelextrema(np.array(EntornoFluoDR1), np.less)[0], argrelextrema(np.array(EntornoFluoDR2), np.less)[0]
    IndiceFluoMinimaEntorno3, IndiceFluoMinimaEntorno4 = argrelextrema(np.array(EntornoFluoDR3), np.less)[0], argrelextrema(np.array(EntornoFluoDR4), np.less)[0]
    IndiceFluoMinimaEntorno5, IndiceFluoMinimaEntorno6 = argrelextrema(np.array(EntornoFluoDR5), np.less)[0], argrelextrema(np.array(EntornoFluoDR6), np.less)[0]
        
    try:
        FreqDR1 = EntornoFreqDR1[int(IndiceFluoMinimaEntorno1)]
        IndiceDR1 = GetClosestIndex(Freq, FreqDR1)
    except:
        FreqDR1 = TeoDR[0]
        IndiceDR1 = IndiceDRteo1
    try:
        FreqDR2 = EntornoFreqDR2[int(IndiceFluoMinimaEntorno2)]
        IndiceDR2 = GetClosestIndex(Freq, FreqDR2)
    except:
        FreqDR2 = TeoDR[1]
        IndiceDR2 = IndiceDRteo2
    try:
        FreqDR3 = EntornoFreqDR3[int(IndiceFluoMinimaEntorno3)]
        IndiceDR3 = GetClosestIndex(Freq, FreqDR3)
    except:
        FreqDR3 = TeoDR[2]
        IndiceDR3 = IndiceDRteo3
    try:
        FreqDR4 = EntornoFreqDR4[int(IndiceFluoMinimaEntorno4)]
        IndiceDR4 = GetClosestIndex(Freq, FreqDR4)
    except:
        FreqDR4 = TeoDR[3]
        IndiceDR4 = IndiceDRteo4
    try:
        FreqDR5 = EntornoFreqDR5[int(IndiceFluoMinimaEntorno5)]
        IndiceDR5 = GetClosestIndex(Freq, FreqDR5)
    except:
        FreqDR5 = TeoDR[4]
        IndiceDR5 = IndiceDRteo5
    try:
        FreqDR6 = EntornoFreqDR6[int(IndiceFluoMinimaEntorno6)]
        IndiceDR6 = GetClosestIndex(Freq, FreqDR6)
    except:
        FreqDR6 = TeoDR[5]
        IndiceDR6 = IndiceDRteo6
                
    return [IndiceDR1, IndiceDR2, IndiceDR3, IndiceDR4, IndiceDR5, IndiceDR6], [FreqDR1, FreqDR2, FreqDR3, FreqDR4, FreqDR5, FreqDR6]


def FindRelativeFluorescencesOfDR(Freq, Fluo, IndicesDR, detuningdoppler, NormalizationCriterium=1, frecuenciareferenciacriterioasintotico=-100, getindices=False):
    """
    Toma los indices donde estan las DR y evalua su fluorescencia. Esos indices son minimos locales en un entorno
    cercano a las DR teoricas y, si no hay ningun minimo, toma la teorica.
    Luego, hace el cociente de esa fluorescencia y un factor de normalización segun NormalizationCriterium:
        1: Devuelve la fluorescencia absoluta de los minimos
        2: Devuelve el cociente entre la fluorescencia del minimo y un valor medio entre dos puntos lejanos, como si no 
        hubiera una resonancia oscura y hubiera una recta. Ese valor esta a  DistanciaFrecuenciaCociente del detuning del azul (el punto medio entre las dos DR en este caso)
        3: Devuelve el cociente entre la fluorescencia del minimo y el valor a -100 MHz (si se hizo de -100 a 100),
        o el valor limite por izquierda de la curva
        4: Deuelve el cociente entre la fluorescencia del minimo y el valor de fluorescencia a detuning 0 MHz        
    
    """
    IndiceDR1, IndiceDR2, IndiceDR3, IndiceDR4, IndiceDR5, IndiceDR6 = IndicesDR[0], IndicesDR[1], IndicesDR[2], IndicesDR[3], IndicesDR[4], IndicesDR[5]
    FluorescenceOfMinimums = [Fluo[IndiceDR1], Fluo[IndiceDR2], Fluo[IndiceDR3], Fluo[IndiceDR4], Fluo[IndiceDR5], Fluo[IndiceDR6]]
    FrequencyOfMinimums = [Freq[IndiceDR1], Freq[IndiceDR2], Freq[IndiceDR3], Freq[IndiceDR4], Freq[IndiceDR5], Freq[IndiceDR6]]
    DistanciaFrecuenciaCociente = 25

    if NormalizationCriterium==0:
        print('che')
        return FrequencyOfMinimums, FluorescenceOfMinimums
    
    if NormalizationCriterium==1:      
        Fluorescenciacerodetuning = Fluo[GetClosestIndex(Freq, 0)]
        Fluorescenciaasintotica = Fluo[GetClosestIndex(Freq, frecuenciareferenciacriterioasintotico)]
        return FrequencyOfMinimums, np.array([Fluorescenciacerodetuning/Fluorescenciaasintotica, Fluorescenciacerodetuning/Fluorescenciaasintotica, Fluorescenciacerodetuning/Fluorescenciaasintotica, Fluorescenciacerodetuning/Fluorescenciaasintotica, Fluorescenciacerodetuning/Fluorescenciaasintotica, Fluorescenciacerodetuning/Fluorescenciaasintotica])
        
    if NormalizationCriterium==2:
        k = 0
        while k < len(Freq):
            if Freq[k] < detuningdoppler-DistanciaFrecuenciaCociente + 2 and Freq[k] > detuningdoppler-DistanciaFrecuenciaCociente - 2:
                FluoIzquierda = Fluo[k]
                indiceizquierda = k
                print('Izq:', Freq[k])
                break
            else:
                k = k + 1
        
        l = 0
        while l < len(Freq):
            if Freq[l] < detuningdoppler+DistanciaFrecuenciaCociente + 2 and Freq[l] > detuningdoppler+DistanciaFrecuenciaCociente - 2:
                FluoDerecha = Fluo[l]
                indicederecha = l
                print('Der: ', Freq[l])
                break
            else:
                l = l + 1
        FluoNormDivisor = 0.5*(FluoDerecha+FluoIzquierda)
        print(FluoNormDivisor)
    
    if NormalizationCriterium==3:
        #asintotico
        FluoNormDivisor = Fluo[GetClosestIndex(Freq, frecuenciareferenciacriterioasintotico)]

    if NormalizationCriterium==4:
        #este te tira la fluorescencia de detuning 0
        FluoNormDivisor = Fluo[GetClosestIndex(Freq, 0)]

   
    RelativeFluorescenceOfMinimums = np.array([Fluore/FluoNormDivisor for Fluore in FluorescenceOfMinimums])
    print('Esto: ', RelativeFluorescenceOfMinimums)

    if NormalizationCriterium==2 and getindices==True:
        return FrequencyOfMinimums, RelativeFluorescenceOfMinimums, indiceizquierda, indicederecha
    
    return FrequencyOfMinimums, RelativeFluorescenceOfMinimums


def GetFinalMaps(MapasDR1, MapasDR2, MapasDR3, MapasDR4, MapasDR5, MapasDR6):
    """
    Nota: esto vale para polarizacion del 397 sigma+ + sigma-. Sino hay que cambiar los coeficientes.
    La estructura es:
        MapasDRi = [MapaMedido_criterio1_DRi, MapaMedido_criterio2_DRi, MapaMedido_criterio3_DRi, MapaMedido_criterio4_DRi]
    """
    Mapa1 = MapasDR1[0]
    
    Mapa2pi = np.sqrt(3)*(MapasDR2[1] + MapasDR5[1])
    Mapa2smas = np.sqrt(12/2)*MapasDR3[1] + (2/np.sqrt(2))*MapasDR6[1]
    Mapa2smenos = (2/np.sqrt(2))*MapasDR1[1] + np.sqrt(12/2)*MapasDR4[1]
    
    Mapa3pi = np.sqrt(3)*(MapasDR2[2] + MapasDR5[2])
    Mapa3smas = np.sqrt(12/2)*MapasDR3[2] + (2/np.sqrt(2))*MapasDR6[2]
    Mapa3smenos = (2/np.sqrt(2))*MapasDR1[2] + np.sqrt(12/2)*MapasDR4[2]
        
    return Mapa1, [Mapa2pi, Mapa2smas, Mapa2smenos], [Mapa3pi, Mapa3smas, Mapa3smenos]


def CombinateDRwithCG(RelMinMedido1, RelMinMedido2, RelMinMedido3, RelMinMedido4):
    Fluo1 = RelMinMedido1[0]
    
    Fluo2pi = np.sqrt(3)*(RelMinMedido2[1] + RelMinMedido2[4])
    Fluo2smas = np.sqrt(12/2)*RelMinMedido2[2] + (2/np.sqrt(2))*RelMinMedido2[5]
    Fluo2smenos = (2/np.sqrt(2))*RelMinMedido2[0] + np.sqrt(12/2)*RelMinMedido2[3]
    
    Fluo3pi = np.sqrt(3)*(RelMinMedido3[1] + RelMinMedido3[4])
    Fluo3smas = np.sqrt(12/2)*RelMinMedido3[2] + (2/np.sqrt(2))*RelMinMedido3[5]
    Fluo3smenos = (2/np.sqrt(2))*RelMinMedido3[0] + np.sqrt(12/2)*RelMinMedido3[3]
    
    return Fluo1, [Fluo2pi, Fluo2smas, Fluo2smenos], [Fluo3pi, Fluo3smas, Fluo3smenos]



def IdentifyPolarizationCoincidences(theoricalmap, target, tolerance=1e-1):
    """
    Busca en un mapa 2D la presencia de un valor target (medido) con tolerancia tolerance.
    Si lo encuentra, pone un 1. Sino, un 0. Al plotear con pcolor se verá
    en blanco la zona donde el valor medido se puede hallar.
    """
    CoincidenceMatrix = np.zeros((len(theoricalmap), len(theoricalmap[0])))
    
    i = 0
    while i<len(theoricalmap):
        j = 0
        while j<len(theoricalmap[0]):
            if abs(theoricalmap[i][j]-target) < tolerance:
                CoincidenceMatrix[i][j] = 1
            j=j+1
        i=i+1
    return CoincidenceMatrix

def RetrieveAbsoluteCoincidencesBetweenMaps(MapsVectors):
    
    MatrixSum = np.zeros((len(MapsVectors[0]), len(MapsVectors[0][0])))
    AbsoluteCoincidencesMatrix = np.zeros((len(MapsVectors[0]), len(MapsVectors[0][0])))

    
    MatrixMapsVectors = []
    
    for i in range(len(MapsVectors)):
        MatrixMapsVectors.append(np.matrix(MapsVectors[i]))

    for i in range(len(MatrixMapsVectors)):
        MatrixSum = MatrixSum + MatrixMapsVectors[i]
        
    MaxNumberOfCoincidences = np.max(MatrixSum)
    
    ListMatrixSum = [list(i) for i in list(np.array(MatrixSum))]
    
    for i in range(len(ListMatrixSum)):
        for j in range(len(ListMatrixSum[0])):
            if ListMatrixSum[i][j] == MaxNumberOfCoincidences:
                AbsoluteCoincidencesMatrix[i][j] = 1
    
    return AbsoluteCoincidencesMatrix, MaxNumberOfCoincidences


def MeasureMeanValueOfEstimatedArea(AbsoluteCoincidencesMap, X, Y):
    NonZeroIndices = np.nonzero(AbsoluteCoincidencesMap)
    
    Xsum = 0
    Xvec = []
    Ysum = 0
    Yvec = []
    N = len(NonZeroIndices[0])
    for i in range(N):
        Xsum = Xsum + X[NonZeroIndices[1][i]]
        Xvec.append(X[NonZeroIndices[1][i]])
        Ysum = Ysum + Y[NonZeroIndices[0][i]]
        Yvec.append(Y[NonZeroIndices[0][i]])
    Xaverage = Xsum/N
    Yaverage = Ysum/N
    Xspread = np.std(Xvec)
    Yspread = np.std(Yvec)
    return Xaverage, Yaverage, N, Xspread, Yspread
    

def MeasureRelativeFluorescenceFromCPT(Freq, Fluo, u, titadoppler, detuningrepump, detuningdoppler, frefasint=-100, entorno=3):
    ResonanciasTeoricas, ResonanciasPositivas = CalculoTeoricoDarkResonances_8levels(u, titadoppler, detuningdoppler, detuningrepump)
    IndicesDR, FreqsDR = FindDRFrequencies(Freq, Fluo, ResonanciasTeoricas, entorno=entorno)
    FrequencyOfMinimums, RelativeFluorescenceOfMinimums0 = FindRelativeFluorescencesOfDR(Freq, Fluo, IndicesDR, detuningdoppler, NormalizationCriterium=0, frecuenciareferenciacriterioasintotico=frefasint)
    FrequencyOfMinimums, RelativeFluorescenceOfMinimums1 = FindRelativeFluorescencesOfDR(Freq, Fluo, IndicesDR, detuningdoppler, NormalizationCriterium=1, frecuenciareferenciacriterioasintotico=frefasint)
    FrequencyOfMinimums, RelativeFluorescenceOfMinimums2, indiceizquierda, indicederecha = FindRelativeFluorescencesOfDR(Freq, Fluo, IndicesDR, detuningdoppler, NormalizationCriterium=2, frecuenciareferenciacriterioasintotico=frefasint, getindices=True)
    FrequencyOfMinimums, RelativeFluorescenceOfMinimums3 = FindRelativeFluorescencesOfDR(Freq, Fluo, IndicesDR, detuningdoppler, NormalizationCriterium=3, frecuenciareferenciacriterioasintotico=frefasint)
    FrequencyOfMinimums, RelativeFluorescenceOfMinimums4 = FindRelativeFluorescencesOfDR(Freq, Fluo, IndicesDR, detuningdoppler, NormalizationCriterium=4, frecuenciareferenciacriterioasintotico=frefasint)
    print('hola')
    print(RelativeFluorescenceOfMinimums0)
    return RelativeFluorescenceOfMinimums0, RelativeFluorescenceOfMinimums1, RelativeFluorescenceOfMinimums2, RelativeFluorescenceOfMinimums3, RelativeFluorescenceOfMinimums4, IndicesDR, [indiceizquierda, indicederecha]


def GenerateNoisyCPT(rabG, rabR, rabP, gPS, gPD, DetDoppler, DetRepump, u, DopplerLaserLinewidth, RepumpLaserLinewidth, ProbeLaserLinewidth, T, alpha, phidoppler, titadoppler, phiprobe, titaprobeVec, phirepump, titarepump, freqMin, freqMax, freqStep, plot=False, solvemode=1, detpvec=None, noiseamplitude=0.001):
    Frequencyvector, Fluovector = PerformExperiment_8levels(rabG, rabR, rabP, gPS, gPD, DetDoppler, DetRepump, u, DopplerLaserLinewidth, RepumpLaserLinewidth, ProbeLaserLinewidth, T, alpha, phidoppler, titadoppler, phiprobe, titaprobeVec, phirepump, titarepump, freqMin, freqMax, freqStep, plot=False, solvemode=1, detpvec=None)
    NoisyFluovector = [fluo+noiseamplitude*(2*random.random()-1) for fluo in Fluovector]
    return Frequencyvector, NoisyFluovector


def GenerateNoisyCPT_fixedRabi(sg, sr, sp, gPS, gPD, DetDoppler, DetRepump, u, DopplerLaserLinewidth, RepumpLaserLinewidth, ProbeLaserLinewidth, T, alpha, phidoppler, titadoppler, phiprobe, titaprobeVec, phirepump, titarepump, freqMin, freqMax, freqStep, plot=False, solvemode=1, detpvec=None, noiseamplitude=0.001):
    Frequencyvector, Fluovector = PerformExperiment_8levels_fixedRabi(sg, sr, sp, gPS, gPD, DetDoppler, DetRepump, u, DopplerLaserLinewidth, RepumpLaserLinewidth, ProbeLaserLinewidth, T, alpha, phidoppler, titadoppler, phiprobe, titaprobeVec, phirepump, titarepump, freqMin, freqMax, freqStep, plot=False, solvemode=1, detpvec=None)
    NoisyFluovector = [fluo+noiseamplitude*(2*random.random()-1) for fluo in Fluovector]
    return Frequencyvector, NoisyFluovector

def GenerateNoisyCPT_fit(sg, sr, sp, gPS, gPD, DetDoppler, DetRepump, u, DopplerLaserLinewidth, RepumpLaserLinewidth, ProbeLaserLinewidth, T, alpha, phidoppler, titadoppler, phiprobe, titaprobeVec, phirepump, titarepump, freqs, plot=False, solvemode=1, detpvec=None, noiseamplitude=0.001):
    Frequencyvector, Fluovector = PerformExperiment_8levels_fixedRabi(sg, sr, sp, gPS, gPD, DetDoppler, DetRepump, u, DopplerLaserLinewidth, RepumpLaserLinewidth, ProbeLaserLinewidth, T, alpha, phidoppler, titadoppler, phiprobe, titaprobeVec, phirepump, titarepump, min(freqs), max(freqs) + freqs[1]-freqs[0], freqs[1]-freqs[0], plot=False, solvemode=1, detpvec=None)
    NoisyFluovector = [fluo+noiseamplitude*(2*random.random()-1) for fluo in Fluovector]
    return Frequencyvector, NoisyFluovector


def AddNoiseToCPT(Fluo, noisefactor):
    return [f+noisefactor*(2*random.random()-1) for f in Fluo]


def SmoothNoisyCPT(Fluo, window=11, poly=3):
    SmoothenFluo = sf(Fluo, window, poly)
    return SmoothenFluo


def GetMinimaInfo(Freq, Fluo, u, titadoppler, detuningdoppler, detuningrepump, MinimumCriterium=2, NormalizationCriterium=1):
    """
    FUNCION VIEJA
    
    Esta funcion devuelve valores de frecuencias y fluorescencia relativa de los minimos.
    Minimumcriterion:
        1: Saca los minimos con funcion argelextrema
        2: Directamente con las frecuencias teoricas busca las fluorescencias
    
    Normalizationcriterium:
        1: Devuelve la fluorescencia absoluta de los minimos
        2: Devuelve el cociente entre la fluorescencia del minimo y un valor medio entre dos puntos lejanos, como si no 
        hubiera una resonancia oscura y hubiera una recta. Ese valor esta a  DistanciaFrecuenciaCociente del detuning del azul (el punto medio entre las dos DR en este caso)
        3: Devuelve el cociente entre la fluorescencia del minimo y el valor a -100 MHz (si se hizo de -100 a 100),
        o el valor limite por izquierda de la curva
    
    """
    FluorescenceOfMaximum = max(Fluo)
    FrequencyOfMaximum = Freq[Fluo.index(FluorescenceOfMaximum)]


    #criterio para encontrar los minimos
    #criterio usando minimos de la fluorescencia calculados con la curva
    if MinimumCriterium == 1:
        LocationOfMinimums = argrelextrema(np.array(Fluo), np.less)[0]
        FluorescenceOfMinimums = np.array([Fluo[i] for i in LocationOfMinimums])
        FrequencyOfMinimums = np.array([Freq[j] for j in LocationOfMinimums])


    #criterio con las DR teoricas
    if MinimumCriterium == 2:
        FrecuenciasDRTeoricas, FrecuenciasDRTeoricasPositivas = [darkresonance for darkresonance in CalculoTeoricoDarkResonances_8levels(u, titadoppler, detuningdoppler, detuningrepump)[0]]
        FrequencyOfMinimums = []
        FluorescenceOfMinimums =[]
        print(FrecuenciasDRTeoricas)
        k=0
        
        ventanita = 0.001
        while k < len(Freq):
            if Freq[k] < FrecuenciasDRTeoricas[0] + ventanita and Freq[k] > FrecuenciasDRTeoricas[0] - ventanita:
                FrequencyOfMinimums.append(Freq[k])
                FluorescenceOfMinimums.append(Fluo[k])
            elif Freq[k] < FrecuenciasDRTeoricas[1] + ventanita and Freq[k] > FrecuenciasDRTeoricas[1] - ventanita:
                FrequencyOfMinimums.append(Freq[k])
                FluorescenceOfMinimums.append(Fluo[k])
            elif Freq[k] < FrecuenciasDRTeoricas[2] + ventanita and Freq[k] > FrecuenciasDRTeoricas[2] - ventanita:
                FrequencyOfMinimums.append(Freq[k])
                FluorescenceOfMinimums.append(Fluo[k])
            elif Freq[k] < FrecuenciasDRTeoricas[3] + ventanita and Freq[k] > FrecuenciasDRTeoricas[3] - ventanita:
                FrequencyOfMinimums.append(Freq[k])
                FluorescenceOfMinimums.append(Fluo[k])
            elif Freq[k] < FrecuenciasDRTeoricas[4] + ventanita and Freq[k] > FrecuenciasDRTeoricas[4] - ventanita:
                FrequencyOfMinimums.append(Freq[k])
                FluorescenceOfMinimums.append(Fluo[k])
            elif Freq[k] < FrecuenciasDRTeoricas[5] + ventanita and Freq[k] > FrecuenciasDRTeoricas[5] - ventanita:
                FrequencyOfMinimums.append(Freq[k])
                FluorescenceOfMinimums.append(Fluo[k])
            k = k + 1
        print(FrequencyOfMinimums)
        if len(FrequencyOfMinimums) !=  len(FrecuenciasDRTeoricas):
            print('NO ANDA BIEN ESTO PAPI, revisalo')
        
            
    #esto es para establecer un criterio para la fluorescencia relativa
    DistanciaFrecuenciaCociente = 15
    
    if NormalizationCriterium==1:      
        FluoNormDivisor = 1 
        
    if NormalizationCriterium==2:
        k = 0
        while k < len(Freq):
            if Freq[k] < detuningdoppler-DistanciaFrecuenciaCociente + 2 and Freq[k] > detuningdoppler-DistanciaFrecuenciaCociente - 2:
                FluoIzquierda = Fluo[k]
                print('Izq:', Freq[k])
                break
            else:
                k = k + 1
        
        l = 0
        while l < len(Freq):
            if Freq[l] < detuningdoppler+DistanciaFrecuenciaCociente + 2 and Freq[l] > detuningdoppler+DistanciaFrecuenciaCociente - 2:
                FluoDerecha = Fluo[l]
                print('Der: ', Freq[l])
                break
            else:
                l = l + 1
        FluoNormDivisor = 0.5*(FluoDerecha+FluoIzquierda)
        print(FluoNormDivisor)
    
    if NormalizationCriterium==3:
        FluoNormDivisor = Fluo[0]
    
    RelativeFluorescenceOfMinimums = np.array([Fluore/FluoNormDivisor for Fluore in FluorescenceOfMinimums])
    
    return FrequencyOfMinimums, RelativeFluorescenceOfMinimums


def GetPlotsofFluovsAngle_8levels(FrequencyOfMinimumsVector, RelativeFluorescenceOfMinimumsVector, u, titadoppler, detuningdoppler, detuningrepump, ventana=0.25, taketheoricalDR=False):
    
    #primero buscamos las frecuencias referencia que se parezcan a las 6:
    i = 0
    FrecuenciasReferenciaBase = FrequencyOfMinimumsVector[0]
    
    FrecuenciasDRTeoricas = [darkresonance for darkresonance in CalculoTeoricoDarkResonances_8levels(u, titadoppler, detuningdoppler, detuningrepump)[0]]
    
    while i < len(FrequencyOfMinimumsVector):
        if len(FrequencyOfMinimumsVector[i])==len(FrecuenciasDRTeoricas):
            FrecuenciasReferenciaBase = FrequencyOfMinimumsVector[i]
            print('Cool! Taking the DR identified with any curve')
            break
        else:
            i = i + 1
            if i==len(FrequencyOfMinimumsVector):
                print('No hay ningun plot con 5 resonancias oscuras. Tomo las teóricas')
                FrecuenciasReferenciaBase = FrecuenciasDRTeoricas
    
    if taketheoricalDR:
        FrecuenciasReferenciaBase = FrecuenciasDRTeoricas
        
        
            
    Ventana = abs(ventana*(FrecuenciasReferenciaBase[1] - FrecuenciasReferenciaBase[0])) #ventana separadora de resonancias
    
    print('Ventana = ', Ventana)
    DarkResonance1Frequency = []
    DarkResonance1Fluorescence = []
    
    DarkResonance2Frequency = []
    DarkResonance2Fluorescence = []
    
    DarkResonance3Frequency = []
    DarkResonance3Fluorescence = []
   
    DarkResonance4Frequency = []
    DarkResonance4Fluorescence = []
    
    DarkResonance5Frequency = []
    DarkResonance5Fluorescence = []
    
    DarkResonance6Frequency = []
    DarkResonance6Fluorescence = []    
    
    i = 0
    
   
    while i < len(FrequencyOfMinimumsVector):
        j = 0
        FrecuenciasReferencia = [i for i in FrecuenciasReferenciaBase]


        while j < len(FrequencyOfMinimumsVector[i]):
            
            
            if abs(FrequencyOfMinimumsVector[i][j]) < (abs(FrecuenciasReferencia[0])+Ventana) and abs(FrequencyOfMinimumsVector[i][j]) >= (abs(FrecuenciasReferencia[0])-Ventana):
                DarkResonance1Frequency.append(FrequencyOfMinimumsVector[i][j])
                DarkResonance1Fluorescence.append(RelativeFluorescenceOfMinimumsVector[i][j])
                FrecuenciasReferencia[0] = 0
            
            elif abs(FrequencyOfMinimumsVector[i][j]) < (abs(FrecuenciasReferencia[1])+Ventana) and abs(FrequencyOfMinimumsVector[i][j]) >= (abs(FrecuenciasReferencia[1])-Ventana):
                DarkResonance2Frequency.append(FrequencyOfMinimumsVector[i][j])
                DarkResonance2Fluorescence.append(RelativeFluorescenceOfMinimumsVector[i][j])
                FrecuenciasReferencia[1] = 0

            elif abs(FrequencyOfMinimumsVector[i][j]) < (abs(FrecuenciasReferencia[2])+Ventana) and abs(FrequencyOfMinimumsVector[i][j]) >= (abs(FrecuenciasReferencia[2])-Ventana):
                DarkResonance3Frequency.append(FrequencyOfMinimumsVector[i][j])
                DarkResonance3Fluorescence.append(RelativeFluorescenceOfMinimumsVector[i][j])
                FrecuenciasReferencia[2] = 0

            elif abs(FrequencyOfMinimumsVector[i][j]) < (abs(FrecuenciasReferencia[3])+Ventana) and abs(FrequencyOfMinimumsVector[i][j]) >= (abs(FrecuenciasReferencia[3])-Ventana):
                DarkResonance4Frequency.append(FrequencyOfMinimumsVector[i][j])
                DarkResonance4Fluorescence.append(RelativeFluorescenceOfMinimumsVector[i][j])
                FrecuenciasReferencia[3] = 0

            elif abs(FrequencyOfMinimumsVector[i][j]) < (abs(FrecuenciasReferencia[4])+Ventana) and abs(FrequencyOfMinimumsVector[i][j]) >= (abs(FrecuenciasReferencia[4])-Ventana):
                DarkResonance5Frequency.append(FrequencyOfMinimumsVector[i][j])
                DarkResonance5Fluorescence.append(RelativeFluorescenceOfMinimumsVector[i][j])
                FrecuenciasReferencia[4] = 0

            elif abs(FrequencyOfMinimumsVector[i][j]) < (abs(FrecuenciasReferencia[5])+Ventana) and abs(FrequencyOfMinimumsVector[i][j]) >= (abs(FrecuenciasReferencia[5])-Ventana):
                DarkResonance6Frequency.append(FrequencyOfMinimumsVector[i][j])
                DarkResonance6Fluorescence.append(RelativeFluorescenceOfMinimumsVector[i][j])
                FrecuenciasReferencia[5] = 0
                
            else:
                #print('Algo anduvo mal, por ahi tenes que cambiar la ventana che')
                pass
            j = j + 1
        
        if np.count_nonzero(FrecuenciasReferencia) > 0:
            if FrecuenciasReferencia[0] != 0:
                DarkResonance1Frequency.append(FrecuenciasReferencia[0])
                DarkResonance1Fluorescence.append()
                
            if FrecuenciasReferencia[1] != 0:
                DarkResonance2Frequency.append(FrecuenciasReferencia[1])
                DarkResonance2Fluorescence.append(0)

            if FrecuenciasReferencia[2] != 0:
                DarkResonance3Frequency.append(FrecuenciasReferencia[2])
                DarkResonance3Fluorescence.append(0)

            if FrecuenciasReferencia[3] != 0:
                DarkResonance4Frequency.append(FrecuenciasReferencia[3])
                DarkResonance4Fluorescence.append(0)

            if FrecuenciasReferencia[4] != 0:
                DarkResonance5Frequency.append(FrecuenciasReferencia[4])
                DarkResonance5Fluorescence.append(0)

            if FrecuenciasReferencia[5] != 0:
                DarkResonance6Frequency.append(FrecuenciasReferencia[5])
                DarkResonance6Fluorescence.append(0)            
            
        i = i + 1

    return DarkResonance1Frequency, DarkResonance1Fluorescence, DarkResonance2Frequency, DarkResonance2Fluorescence, DarkResonance3Frequency, DarkResonance3Fluorescence, DarkResonance4Frequency, DarkResonance4Fluorescence, DarkResonance5Frequency, DarkResonance5Fluorescence, DarkResonance6Frequency, DarkResonance6Fluorescence, FrecuenciasReferenciaBase



def PerformExperiment_8levels(rabG, rabR, rabP, gPS, gPD, DetDoppler, DetRepump, u, DopplerLaserLinewidth, RepumpLaserLinewidth, ProbeLaserLinewidth, T, alpha, phidoppler, titadoppler, phiprobe, titaprobeVec, phirepump, titarepump, freqMin, freqMax, freqStep, plot=False, solvemode=1, detpvec=None):
    
    """
    Hace un experimento barriendo ángulos de repump con el angulo de doppler fijo.
    
    solvemode=1: resuelve con np.linalg.solve
    solvemode=2: resuelve invirtiendo L con la funcion np.linalg.inv
    """
    
    Fluovectors = []
    
    for titaprobe in titaprobeVec:
        
        tinicial = time.time()

        ProbeDetuningVectorL, Fluovector = CPTspectrum8levels(rabG, rabR, rabP, gPS, gPD, DetDoppler, DetRepump, u, DopplerLaserLinewidth, RepumpLaserLinewidth, ProbeLaserLinewidth, T, alpha, phidoppler, titadoppler, phiprobe, titaprobe, phirepump, titarepump, freqMin=freqMin, freqMax=freqMax, freqStep=freqStep, plot=False, solvemode=1)

        tfinal = time.time()
        
        print('Done angle ', titarepump, ' Total time: ', round((tfinal-tinicial), 2), "s")   
        
        if plot:
            plt.figure()
            plt.xlabel('Repump detuning (MHz')
            plt.ylabel('Fluorescence (A.U.)')
            plt.plot(ProbeDetuningVectorL, Fluovector, label=str(titarepump)+'º tita repump, T: ' + str(T*1e3) + ' mK')
            plt.legend()
            
        Fluovectors.append(Fluovector)
        
        if len(titaprobeVec) == 1: #esto es para que no devuelva un vector de vectores si solo fijamos un angulo
            Fluovectors = Fluovector
   
    return ProbeDetuningVectorL, Fluovectors



def PerformExperiment_8levels_fixedRabi(sg, sr, sp, gPS, gPD, DetDoppler, DetRepump, u, DopplerLaserLinewidth, RepumpLaserLinewidth, ProbeLaserLinewidth, T, alpha, phidoppler, titadoppler, phiprobe, titaprobeVec, phirepump, titarepump, freqMin, freqMax, freqStep, plot=False, solvemode=1, detpvec=None):
    
    """
    Hace un experimento barriendo ángulos de repump con el angulo de doppler fijo.
    
    solvemode=1: resuelve con np.linalg.solve
    solvemode=2: resuelve invirtiendo L con la funcion np.linalg.inv
    """
    
    Fluovectors = []
    
    for titaprobe in titaprobeVec:
        
        tinicial = time.time()

        ProbeDetuningVectorL, Fluovector = CPTspectrum8levels_fixedRabi(sg, sr, sp, gPS, gPD, DetDoppler, DetRepump, u, DopplerLaserLinewidth, RepumpLaserLinewidth, ProbeLaserLinewidth, T, alpha, phidoppler, titadoppler, phiprobe, titaprobe, phirepump, titarepump, freqMin=freqMin, freqMax=freqMax, freqStep=freqStep, plot=False, solvemode=1)

        tfinal = time.time()
        
        print('Done angle ', titarepump, ' Total time: ', round((tfinal-tinicial), 2), "s")   
        
        if plot:
            plt.figure()
            plt.xlabel('Repump detuning (MHz')
            plt.ylabel('Fluorescence (A.U.)')
            plt.plot(ProbeDetuningVectorL, Fluovector, label=str(titarepump)+'º tita repump, T: ' + str(T*1e3) + ' mK')
            plt.legend()
            
        Fluovectors.append(Fluovector)
        
        if len(titaprobeVec) == 1: #esto es para que no devuelva un vector de vectores si solo fijamos un angulo
            Fluovectors = Fluovector
   
    return ProbeDetuningVectorL, Fluovectors